Water als sturend element
De herinrichting van de plassen is direct gestart nadat de delfstofwinning in delen van het project had plaatsgevonden. Dit gebeurde door het afwerken van de oevers, het aanleggen van eilanden en het gedeeltelijk ondieper maken van de diepe plassen die waren ontstaan door het winnen van zand.
Het water is een sturend element in de ontwikkeling van de aan de rivier gebonden natuur. De stuw bij Lith, die in het midden van het project ligt, verdeelt de Maas in twee delen: het bovenstrooms gelegen deel met een gestuwd peil, en de benedenstrooms gelegen niet-gestuwde Getijdenmaas waar nog sprake is van eb en vloed vanaf de Noordzee. Deze stuw zorgt voor een gemiddeld peilverschil van ruim 4 meter.
Zuiver watermilieu
In de Moleneindsche Waard, de uiterwaard die vlakbij Alphen en ter hoogte van de stuw ligt, is een helder watermilieu gecreëerd dat uitermate geschikt is voor planten en dieren. Daarbij is gekozen voor een plas die niet in directe verbinding staat met de Maas. Aan de westzijde van deze plas bevindt zich, ingebouwd in het fietspad, een duiker met een afsluitklep. Door middel van dit technische hoogstandje wordt er op eenvoudige wijze voor gezorgd dat de plas een vast peil heeft dat 2 meter lager staat dan het stuwpeil, en ongeveer 2 meter hoger dan het peil van de Maas stroomafwaarts van de stuw. Door deze peilverschillen wordt er via filtering in de zandondergrond gezuiverd kwelwater vanuit de Maas opgevangen in de plas en afgevoerd via deze duiker.
Natuurlijke dynamiek
Benedenstrooms van de stuw in het westelijke deel van het gebied ligt de uiterwaard Over de Maas. Daar is gekozen voor een grotere plas die aan twee zijden in open verbinding staat met de Maas. Deze open verbindingen zijn van groot belang. Niet alleen voor afvoer van de Maas tijdens hoog water, maar ook om de dagelijkse werking van eb en vloed vanaf de Noordzee te laten doordringen in de plas. Vele planten en dieren profiteren van deze dynamische schommelingen tussen nat en droog. Hiervoor is een uitgekiend ontwerp gemaakt van eilanden en ondiepe oevers, die in uitgestrekte delen van het gebied zijn gerealiseerd. De Alphense Uitvliet, die vanaf gemaal Quarles van Ufford overtollig water afvoert vanuit het Land van Maas van Waal, stroomt uit in deze plas.
Spontane ooibosontwikkeling
Nabij Fort Voorne is het voormalige Gat van Van Deursen na de winning en herinrichting weer in ere hersteld en als afgesloten plas opgeleverd. Deze plas voedt zich deels met kwelwater vanaf rivier de Waal en wordt door middel van een vaste overlaat op een iets hoger peil gehouden ten opzichte van de naastgelegen grote plas.
Omdat dit deel van het projectgebied tijdens hoogwater niet in de directe stroming van de Maas ligt, en alleen zorgt voor waterberging, is hier meer ruimte voor de spontane ontwikkeling van een zachthoutooibos. Dit type bosontwikkeling is minder goed toe te passen in andere uiterwaarden, omdat het de afvoer van de Maas zou belemmeren.
Beheer
Het natuurgebied Over de Maas vormt een onmisbare schakel in de ecologische verbinding tussen de Maas en de Waal en daarmee voor de ecologische hoofdstructuur van Nederland.
Om ervoor te zorgen dat een groot deel van het gebied zijn open karakter behoudt en de spontane ontwikkeling van bomen en struiken op een natuurlijke wijze wordt teruggedrongen, wordt het gebied begraasd door grote grazers zoals Galloways en Brandrode-runderen. Eindbeheerder Natuurmonumenten zorgt er samen met lokale veehouders voor dat dit beheer op de juiste manier wordt uitgevoerd. In 2021 is er door het bureau Ecologica een evaluatierapport van dit beheer opgesteld.